En sus inicios, la cuestión de los límites estuvo a cargo del Departamento de Límites Internacionales del Instituto Geográfico Militar, dependiente del Ministerio de Defensa Nacional. Luego, en el año 1953, el entonces presidente de la República, Federico Chaves, decreto mediante resolvió pasar la cuestión de los límites a la jurisdicción del Ministerio de Relaciones Exteriores, siendo conformada la Comisión Nacional Demarcadora de Límites (CNDL).

En tal sentido, el citado Decreto Ley N° 89, del 31 de marzo de 1953, dispone separar “el Departamento de Límites Internacionales del Instituto Geográfico Militar", estableciendo que tal organismo pase a depender del Ministerio de Relaciones Exteriores y Culto, y otorgándole la denominación señalada anteriormente, de "Comisión Nacional Demarcadora de Límites".

Ya en el ámbito del Ministerio de Relaciones Exteriores, el primer presidente de la Comisión Nacional Demarcadora de Límites, fue el Contralmirante Raúl Gutiérrez Yegros, funcionario del Ministerio de Defensa Nacional, nombrado por Decreto N° 17.043 del 1° de abril de 1953, quien en su momento también fue Delegado Demarcador de la Comisión.

En el año 1954, la Comisión Nacional se mudó a un local propio sobre la calle Colón 1593 esquina Roma, de la ciudad capital de Asunción, donde funciona actualmente. La sede fue adquirida por disposición del Decreto N° 2.872 del 27 de enero del año 1954. Mediante el citado decreto se autorizó al Ministerio de Hacienda “a adquirir en compra una propiedad ubicada en esta capital, en las esquinas formadas por las calles Colón y Roma, en la suma de setecientos setenta y nueve mil guaraníes (Gs. 779.000.-), para sede de la Comisión Nacional Demarcadora de Límites, dependiente del Ministerio de Relaciones Exteriores y Culto”.

La citada propiedad, antes de convertirse en sede de la Comisión, en 1950, albergó a la primera beata paraguaya, María Felicia de Jesús Sacramentado más conocida como “Chiquitunga”, cuando la misma se mudó con su familia desde la ciudad de Villarrica a Asunción. En el año 2011, fue restaurada y acondicionada, manteniendo su fachada y estructura original teniendo en cuenta su carácter de Patrimonio Histórico Nacional.

La normativa que establece las funciones y atribuciones de la Comisión es el Decreto N° 10054, del 18 de agosto del año 2000, mediante el cual se reglamenta la estructura orgánica de la referida institución.

Sin embargo, necesidades funcionales actuales y las que se proyectan a futuro en los planos nacional e internacional, requerirán ajustes y modernización en dicha normativa, a los efectos de que la CNDL, pueda ejercer sus competencias y obligaciones –en materia de delimitación, demarcación y caracterización – sin más restricciones que las contenidas en la Constitución Nacional y las leyes vigentes.